Микрофлора глазной поверхности играет важную роль в защитных механизмах, поскольку значимо влияет на регуляцию иммунологической активности и барьерный эффект против инвазии патогена. Наличие нормального микробиома глаза (МГ) не вызывает заболеваний органа зрения, офтальмопатология возникает лишь при нарушении анатомо-барьерных функций и иммунного статуса. При этом здоровая глазная поверхность характеризуется относительно стабильным и сравнительно низким разнообразием МГ. Окружающая среда, диета, пол, возраст и некоторые другие факторы, например потенциальная возможность загрязнения, влияют на состав микробной флоры, что усложняет ее анализ и может повлиять на его результаты. Кроме того, на состав МГ могут также влиять потенциально патогенные организмы, различные расстройства, включая воспаление, и методы лечения патологии глазной поверхности. Традиционные микробиологические исследования на основе культивирования обычно выявляют достаточно низкое разнообразие микроорганизмов в том или ином регионе. Результаты новых методов, например генетического анализа, основанного на секвенировании рРНК, показывают значительно большее разнообразие, чем предполагалось ранее. Установлены изменения состава микробиоты глазной поверхности при блефарите, конъюнктивите, кератите, увеите, синдроме сухого глаза, возрастной макулярной дегенерации, диабетической ретинопатии, глаукоме, миопии и др. В настоящее время отсутствуют четкие критерии нормы МГ (в том числе какие его колебания в течение жизни нужно считать нормальными), недостаточно полно исследованы особенности и влияние состава МГ на иммунитет и организм в целом, в частности с учетом связи с микробиомом кишечника, а также зависимость от пола, возраста, особенностей проживания человека и т. д. Ответы на указанные вопросы дадут только результаты дальнейших исследований МГ.