helmholtzeyeinstituteРоссийский офтальмологический журналRussian Ophthalmological Journal2072-00762587-5760Real time Publishers10.21516/2072-0076-2024-17-4-78-83helmholtzeyeinstitute-1626Research ArticleЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНО-ЛАБОРАТОРНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯEXPERIMENTAL AND LABORATORY STUDIESЧастота выявления однонуклеотидного полиморфизма PAX6 при врожденной иридофундальной колобоме и других врожденных глазных аномалиях: опыт больницы третичного уровня из центральной ИндииIncidence of PAX6 single nucleotide polymorphisms in congenital iridofundal coloboma and other congenital ocular abnormalities: a tertiary care hospital experience from central IndiaДжейнШ.JainSh.

Шаши Джейн — профессор. Кафедра офтальмологии.

Рева, Мадхья-Прадеш, 486001

Shashi Jain — Professor. Department of Ophthalmology.

Rewa, Madhya Pradesh, 486001

ЛакхтакияС.LakhtakiaS.

Суджата Лакхтакия — доцент. Кафедра офтальмологии.

Рева, Мадхья-Прадеш, 486001

Sujata Lakhtakia — Associate Professor. Department of Ophthalmology.

Rewa, Madhya Pradesh, 486001

ЧоудхариП.ChoudharyP.

Панкадж Чоудхари — профессор. Кафедра офтальмологии.

Рева, Мадхья-Прадеш, 486001

Pankaj Choudhary — Professor. Department of Ophthalmology.

Rewa, Madhya Pradesh, 486001

ПандейС. К.PandeyS. K.

Санджай Кумар Пандей — исследователь. Многопрофильное исследовательское подразделение.

Рева, Мадхья-Прадеш, 486001

Sanjay Kumar Pandey – Scientist II. Multidisciplinary Research Unit.

Rewa, Madhya Pradesh, 486001

pandeysanjaybt@rediffmail.comЧандраваншиШ. Л.ChandravanshiSh. L.

Шивчаран Лал Чандраванши — доцент. Кафедра офтальмологии.

Рева, Мадхья-Прадеш, 486001

Shivcharan Lal Chandravanshi — Associate Professor. Department of Ophthalmology.

Rewa, Madhya Pradesh, 486001

ТивариА.TiwariA.

Анамика Тивари — профессор. Кафедра офтальмологии.

Рева, Мадхья-Прадеш, 486001

Anamika Tiwari — Assistant Professor. Department of Ophthalmology.

Rewa, Madhya Pradesh, 486001

Медицинский колледж Шьяма ШахаИндияShyam Shah Medical CollegeIndia2024141220241747883Copyright © Джейн Ш., Лакхтакия С., Чоудхари П., Пандей С.К., Чандраванши Ш.Л., Тивари А., 20242024Джейн Ш., Лакхтакия С., Чоудхари П., Пандей С.К., Чандраванши Ш.Л., Тивари А.Jain S., Lakhtakia S., Choudhary P., Pandey S.K., Chandravanshi S.L., Tiwari A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://roj.igb.ru/jour/article/view/1626

Цель работы — выявление отобранных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) гена PAX6 и оценка их корреляции с врожденной иридофундальной колобомой и другими врожденными аномалиями глаз.

Материал и методы

Материал и методы. В исследование, проведенное в формате случай-контроль, вошли 45 пациентов с иридофундальной колобомой в возрасте от 75 дней до 58 лет (в среднем 29,36 ± 14,4 года) и 45 здоровых лиц (средний возраст 35,23 ± 13,92 года). Офтальмологическое обследование включало биомикроскопию, фундоскопию и тонометрию. Генотипирование проводилось методом полимеразной цепной реакции с анализом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПЦР-ПДРФ).

Результаты

Результаты. У двух пациентов с иридофундальной колобомой был выявлен гетерозиготный генотип CT (+/-) SNP rs667773, а у остальных был гомозиготный генотип CC (-/-) дикого типа. У всех контрольных лиц был выявлен гомозиготный генотип CC (-/-) дикого типа. PAX6 SNP rs3026354 характеризовался CC (-/-) дикого типа гомозиготного генотипа у всех пациентов. Ни гетерозиготный CG (+/-), ни гомозиготный GG (+/+) генотипы не были зарегистрированы у пациентов и лиц контрольной группы. Паттерн генотипа SNP rs662702 был CC (-/-) дикого типа гомозиготным у всех пациентов и лиц контрольной группы. Частота генотипа CC составила 95,56%, а генотипа CT — 4,4 %, в то время как частота аллеля C составила 97,78%, а частота аллеля T — 2,22 % в rs667773 C>T SNP, частота SNP rs3026354C>G генотипа CC и аллеля C была 100 % как в популяции пациентов, так и в контрольной группе. Частота SNP rs 662702C>T генотипа CC и C аллеля также была 100 % у пациентов и в контроле.

Заключение

Заключение. Повышенная частота CC генотипа с C аллелем была более распространена у пациентов с иридо-фундальной колобомой. Два гетерозиготных CT генотипа rs667773C>T SNP были зарегистрированы у двух пациентов с иридо-фундальной колобомой.

Purpose of this study is to identify selected single nucleotide polymorphisms (SNP) of the PAX6 gene and to assess their correlation with congenital iridofundal colobomas and other congenital ocular anomalies.

Material and methods

Material and methods. It was a case-control study done on 45 patients aged from 75 days to 58 years (mean age 29.36 ± 14.4 years) with irido-fundal coloboma and 45 healthy controls aged 35.23 ± 13.92 years. Ocular examination was done by using slit-lamp microscopy inspection, fundoscopy and intraocular pressure measurement. Genotyping was done by using the polymerase chain reaction — restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method.

Results

Results. Two irido — fundal coloboma patients showed CT (+/-) heterozygous genotype of rs667773 SNP and the rest were wild-type CC (-/-) homozygous genotype. All controls showed CC-/- wild-type homozygous genotype. PAX6 SNP rs3026354 showed CC (-/-) wild-type homozygous genotype condition in all patients. Neither CG (+/-) heterozygous nor homozygous GG (+/+) genotype was reported in patients and controls. SNP rs662702, genotype pattern was CC-/- wild type homozygous in all patients and controls. CC genotype frequency was 95.56 and CT genotype was 4.4% while C allele frequency was 97.78 and T allele frequency was 2.22 % in rs667773 C>T SNP. rs3026354C>G SNP had 100 % CC genotype and C allele frequency in both case and control populations. SNP rs 662702C>T showed 100 % CC genotype and C allele frequency in the case and control respectively.

Conclusion

Conclusion. The elevated frequency of the CC genotype with C allele was more common in irido fundal patients. Two heterozygous CT genotype of rs667773C>T SNP were reported in two irido-fundal coloboma patients.

полиморфизммутациягеныПЦРRFLPSNPpolymorphismmutationgenepolymerase chain reactionrestriction fragment length polymorphismsingle-nucleotide polymorphismисследование поддержано Департаментом медицинских исследований Министерства здравоохранения и благосостояния семьи, Нью-Дели, ИндияThis study was funded by Department of Health Research, Ministry of Health & Family welfare, New Delhi, IndiaReferencesGeorgala PA, Carr CB, Price DJ. The role of PAX6 in forebrain development. Dev Neurobiol. 2011 Aug; 71 (8): 690–709. doi: 10.1002/dneu.20895Georgala PA, Carr CB, Price DJ. The role of PAX6 in forebrain development. Dev Neurobiol. 2011 Aug; 71 (8): 690–709. doi: 10.1002/dneu.20895Gehring WJ. The master control gene for morphogenesis and evolution of the eye. Genes Cells. 1996 Jan; 1 (1): 11–5. doi: 10.1046/j.1365-2443.1996.11011.xGehring WJ. The master control gene for morphogenesis and evolution of the eye. Genes Cells. 1996 Jan; 1 (1): 11–5. doi: 10.1046/j.1365-2443.1996.11011.xVincent MC, Gallai R, Olivier D, et al. Variable phenotype related to a novel PAX6 mutation (IVS4+5G>C) in a family presenting congenital nystagmus and foveal hypoplasia. Am J Ophthalmol. 2004 Dec; 138 (6): 1016–21. doi: 10.1016/j.ajo.2004.08.003Vincent MC, Gallai R, Olivier D, et al. Variable phenotype related to a novel PAX6 mutation (IVS4+5G>C) in a family presenting congenital nystagmus and foveal hypoplasia. Am J Ophthalmol. 2004 Dec; 138 (6): 1016–21. doi: 10.1016/j.ajo.2004.08.003Azuma N, Yamaguchi Y, Handa H, et al. Mutations of the PAX6 gene detected in patients with a variety of optic-nerve malformations. Am J Hum Genet. 2003 Jun; 72 (6): 1565–70. doi: 10.1086/375555Azuma N, Yamaguchi Y, Handa H, et al. Mutations of the PAX6 gene detected in patients with a variety of optic-nerve malformations. Am J Hum Genet. 2003 Jun; 72 (6): 1565–70. doi: 10.1086/375555Slavotinek AM. Eye development genes and known syndromes. Mol Genet Metab. 2011 Dec; 104 (4): 448–56. doi: 10.1016/j.ymgme.2011.09.029Slavotinek AM. Eye development genes and known syndromes. Mol Genet Metab. 2011 Dec; 104 (4): 448–56. doi: 10.1016/j.ymgme.2011.09.029D'Elia AV, Pellizzari L, Fabbro D, et al. Adeletion 3' to the PAX6 gene in familial aniridia cases. A deletion 3' to the PAX6 gene in familial aniridia cases. Mol Vis. 2007 Jul 23; 13: 1245–50. PMID: 17679951.D'Elia AV, Pellizzari L, Fabbro D, et al. Adeletion 3' to the PAX6 gene in familial aniridia cases. A deletion 3' to the PAX6 gene in familial aniridia cases. Mol Vis. 2007 Jul 23; 13: 1245–50. PMID: 17679951.Miyake M, Yamashiro K, Nakanishi H, et al. Association of paired box 6 with high myopia in Japanese. Mol Vis. 2012; 18: 2726–35. PMID: 23213273.Miyake M, Yamashiro K, Nakanishi H, et al. Association of paired box 6 with high myopia in Japanese. Mol Vis. 2012; 18: 2726–35. PMID: 23213273.Jiang B, Maurice KH, Leung KH, et al.. PAX6 haplotypes are associated with high myopia in Han chinese. PLoS One. 2011 May 12; 6 (5): e19587. doi: 10.1371/journal.pone.0019587Jiang B, Maurice KH, Leung KH, et al.. PAX6 haplotypes are associated with high myopia in Han chinese. PLoS One. 2011 May 12; 6 (5): e19587. doi: 10.1371/journal.pone.0019587ChungLL, Edward H, Chen KC, et al. A functional polymorphism at 3'UTR of the PAX6 gene may confer risk for extreme myopia in the Chinese. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2011 Jun 1; 52 (6): 3500–5. doi: 10.1167/iovs.10-5859ChungLL, Edward H, Chen KC, et al. A functional polymorphism at 3'UTR of the PAX6 gene may confer risk for extreme myopia in the Chinese. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2011 Jun 1; 52 (6): 3500–5. doi: 10.1167/iovs.10-5859Tsai YY, Chiang CC, Lin HJ, et al. A PAX6 gene polymorphism is associated with genetic predisposition to extreme myopia. Eye (Lond). 2008 Apr; 22 (4):576–81. doi: 10.1038/sj.eye.6702982Tsai YY, Chiang CC, Lin HJ, et al. A PAX6 gene polymorphism is associated with genetic predisposition to extreme myopia. Eye (Lond). 2008 Apr; 22 (4):576–81. doi: 10.1038/sj.eye.6702982Altman D G, Martin Bland J. How to obtain the confidence interval from a P value. BMJ. 2011; 43: d2090. https://doi.org/10.1136/bmj.d2090Altman D G, Martin Bland J. How to obtain the confidence interval from a P value. BMJ. 2011; 43: d2090. https://doi.org/10.1136/bmj.d2090Kumar K, Tanwar M, Naithani P, et al. PAX6 gene analysis in irido-fundal coloboma. Mol Vis. 2011; 17: 1414–9. PMID: 21655361.Kumar K, Tanwar M, Naithani P, et al. PAX6 gene analysis in irido-fundal coloboma. Mol Vis. 2011; 17: 1414–9. PMID: 21655361.Kanemak N, Meguro A, Yamane T, et al. Study of association of PAX6 polymorphisms with susceptibility to high myopia in a Japanese population. Clin Ophthalmol. 2015 Oct 27; 9: 2005–11. doi: 10.2147/OPTH.S95167Kanemak N, Meguro A, Yamane T, et al. Study of association of PAX6 polymorphisms with susceptibility to high myopia in a Japanese population. Clin Ophthalmol. 2015 Oct 27; 9: 2005–11. doi: 10.2147/OPTH.S95167Wang P, Shiqiang Li WS, Zhang Q. PAX6 mutations identified in 4 of 35 families with microcornea. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2012 Sep 19; 53 (10): 6338–42. doi: 10.1167/iovs.12-10472Wang P, Shiqiang Li WS, Zhang Q. PAX6 mutations identified in 4 of 35 families with microcornea. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2012 Sep 19; 53 (10): 6338–42. doi: 10.1167/iovs.12-10472Pedersen HR, Baraas RC, Landsend ES, et al. PAX6 Genotypic and retinal phenotypic characterization in congenital aniridia. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2020 May 11; 61 (5): 14. doi: 10.1167/iovs.61.5.14Pedersen HR, Baraas RC, Landsend ES, et al. PAX6 Genotypic and retinal phenotypic characterization in congenital aniridia. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2020 May 11; 61 (5): 14. doi: 10.1167/iovs.61.5.14Chograni M, Derouiche K, Chaabouni M, Lariani I, Bouhamed HC. Molecular analysis of the PAX6 gene for aniridia and congenital cataracts in Tunisian families. Hum Genome Var. 2014 Sep 4; 1: 14008. doi: 10.1038/hgv.2014.8Chograni M, Derouiche K, Chaabouni M, Lariani I, Bouhamed HC. Molecular analysis of the PAX6 gene for aniridia and congenital cataracts in Tunisian families. Hum Genome Var. 2014 Sep 4; 1: 14008. doi: 10.1038/hgv.2014.8Azuma N, YamaguchiY, Handa H, et al. Mutations of the PAX6 gene detected in patients with a variety of optic-nerve malformations. Am J Hum Genet. 2003 Jun; 72 (6): 1565–70. doi: 10.1086/375555Azuma N, YamaguchiY, Handa H, et al. Mutations of the PAX6 gene detected in patients with a variety of optic-nerve malformations. Am J Hum Genet. 2003 Jun; 72 (6): 1565–70. doi: 10.1086/375555

The authors declare that there are no conflicts of interest present.