Частота выявления однонуклеотидного полиморфизма PAX6 при врожденной иридофундальной колобоме и других врожденных глазных аномалиях: опыт больницы третичного уровня из центральной Индии

Цель работы — выявление отобранных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) гена PAX6 и оценка их корреляции с врожденной иридофундальной колобомой и другими врожденными аномалиями глаз.

Материал и методы. В исследование, проведенное в формате случай-контроль, вошли 45 пациентов с иридофундальной колобомой в возрасте от 75 дней до 58 лет (в среднем 29,36 ± 14,4 года) и 45 здоровых лиц (средний возраст 35,23 ± 13,92 года). Офтальмологическое обследование включало биомикроскопию, фундоскопию и тонометрию. Генотипирование проводилось методом полимеразной цепной реакции с анализом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПЦР-ПДРФ).

Результаты. У двух пациентов с иридофундальной колобомой был выявлен гетерозиготный генотип CT (+/-) SNP rs667773, а у остальных был гомозиготный генотип CC (-/-) дикого типа. У всех контрольных лиц был выявлен гомозиготный генотип CC (-/-) дикого типа. PAX6 SNP rs3026354 характеризовался CC (-/-) дикого типа гомозиготного генотипа у всех пациентов. Ни гетерозиготный CG (+/-), ни гомозиготный GG (+/+) генотипы не были зарегистрированы у пациентов и лиц контрольной группы. Паттерн генотипа SNP rs662702 был CC (-/-) дикого типа гомозиготным у всех пациентов и лиц контрольной группы. Частота генотипа CC составила 95,56%, а генотипа CT — 4,4 %, в то время как частота аллеля C составила 97,78%, а частота аллеля T — 2,22 % в rs667773 C>T SNP, частота SNP rs3026354C>G генотипа CC и аллеля C была 100 % как в популяции пациентов, так и в контрольной группе. Частота SNP rs 662702C>T генотипа CC и C аллеля также была 100 % у пациентов и в контроле.

Заключение. Повышенная частота CC генотипа с C аллелем была более распространена у пациентов с иридо-фундальной колобомой. Два гетерозиготных CT генотипа rs667773C>T SNP были зарегистрированы у двух пациентов с иридо-фундальной колобомой.

1. Georgala PA, Carr CB, Price DJ. The role of PAX6 in forebrain development. Dev Neurobiol. 2011 Aug; 71 (8): 690–709. doi: 10.1002/dneu.20895

2. Gehring WJ. The master control gene for morphogenesis and evolution of the eye. Genes Cells. 1996 Jan; 1 (1): 11–5. doi: 10.1046/j.1365-2443.1996.11011.x

3. Vincent MC, Gallai R, Olivier D, et al. Variable phenotype related to a novel PAX6 mutation (IVS4+5G>C) in a family presenting congenital nystagmus and foveal hypoplasia. Am J Ophthalmol. 2004 Dec; 138 (6): 1016–21. doi: 10.1016/j.ajo.2004.08.003

4. Azuma N, Yamaguchi Y, Handa H, et al. Mutations of the PAX6 gene detected in patients with a variety of optic-nerve malformations. Am J Hum Genet. 2003 Jun; 72 (6): 1565–70. doi: 10.1086/375555

5. Slavotinek AM. Eye development genes and known syndromes. Mol Genet Metab. 2011 Dec; 104 (4): 448–56. doi: 10.1016/j.ymgme.2011.09.029

6. D'Elia AV, Pellizzari L, Fabbro D, et al. Adeletion 3' to the PAX6 gene in familial aniridia cases. A deletion 3' to the PAX6 gene in familial aniridia cases. Mol Vis. 2007 Jul 23; 13: 1245–50. PMID: 17679951.

7. Miyake M, Yamashiro K, Nakanishi H, et al. Association of paired box 6 with high myopia in Japanese. Mol Vis. 2012; 18: 2726–35. PMID: 23213273.

8. Jiang B, Maurice KH, Leung KH, et al.. PAX6 haplotypes are associated with high myopia in Han chinese. PLoS One. 2011 May 12; 6 (5): e19587. doi: 10.1371/journal.pone.0019587

9. ChungLL, Edward H, Chen KC, et al. A functional polymorphism at 3'UTR of the PAX6 gene may confer risk for extreme myopia in the Chinese. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2011 Jun 1; 52 (6): 3500–5. doi: 10.1167/iovs.10-5859

10. Tsai YY, Chiang CC, Lin HJ, et al. A PAX6 gene polymorphism is associated with genetic predisposition to extreme myopia. Eye (Lond). 2008 Apr; 22 (4):576–81. doi: 10.1038/sj.eye.6702982

11. Altman D G, Martin Bland J. How to obtain the confidence interval from a P value. BMJ. 2011; 43: d2090. https://doi.org/10.1136/bmj.d2090

12. Kumar K, Tanwar M, Naithani P, et al. PAX6 gene analysis in irido-fundal coloboma. Mol Vis. 2011; 17: 1414–9. PMID: 21655361.

13. Kanemak N, Meguro A, Yamane T, et al. Study of association of PAX6 polymorphisms with susceptibility to high myopia in a Japanese population. Clin Ophthalmol. 2015 Oct 27; 9: 2005–11. doi: 10.2147/OPTH.S95167

14. Wang P, Shiqiang Li WS, Zhang Q. PAX6 mutations identified in 4 of 35 families with microcornea. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2012 Sep 19; 53 (10): 6338–42. doi: 10.1167/iovs.12-10472

15. Pedersen HR, Baraas RC, Landsend ES, et al. PAX6 Genotypic and retinal phenotypic characterization in congenital aniridia. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2020 May 11; 61 (5): 14. doi: 10.1167/iovs.61.5.14

16. Chograni M, Derouiche K, Chaabouni M, Lariani I, Bouhamed HC. Molecular analysis of the PAX6 gene for aniridia and congenital cataracts in Tunisian families. Hum Genome Var. 2014 Sep 4; 1: 14008. doi: 10.1038/hgv.2014.8

17. Azuma N, YamaguchiY, Handa H, et al. Mutations of the PAX6 gene detected in patients with a variety of optic-nerve malformations. Am J Hum Genet. 2003 Jun; 72 (6): 1565–70. doi: 10.1086/375555